ТашИИТ основан в 1931 году, и до 1937 года назывался Среднеазиатский институт инженеров железнодорожного транспорта.
С началом Великой Отечественной войны в Ташкент были эвакуированы студенты и преподаватели ЛИИЖТ (Ленинградского института инженеров железнодорожного транспорта), они были приняты в институт и учебный процесс продолжился.
Студенты института принимали участие в проектировании железнодорожных линий и ветвей, в частности ветви на рудники Алмалыка, ветви Кзыл-Тукумачи — Ангрен, ветви к Байсунскому и Шаргунскому месторождениям расположенным на Гиссарском хребте. Также студенты участвовали в строительстве восточного обхода станции Ташкент.
В 1976 году филиал ТашИИТа открылся в городе Алма-Ата (позднее этот филиал был переименован в Казахская академия транспорта и коммуникаций имени М. Тынышпаева).
В годы советской власти ТашИИТ славился среди прочих вузов своими ежегодными конкурсными «вечерами»; весной (апрель — май) каждый факультет силами своих студентов готовил театральную постановку.